优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。

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奥特战士与贝利亚之间的战斗被地球人奉为传说一直流传了下来。在六年前的地球上曾出现过怪兽，那场混乱平息之后，人们一直过着和平的日子。主人公朝仓陆从小不知道自己的双亲是谁。他在小时候遇见了佩嘉萨星人——佩嘉，他目前住在星云庄内，是一位崇拜英雄的普通青少年。某天，六年前的怪兽再次出现！星云庄被它肆意践踏，小陆和佩嘉不知该逃往何处，此时他们意外地发现了藏在地底的秘密基地。从基地的莱姆那里拿到了“奥特胶囊”的小陆，变身成了捷德奥特曼！这位奥特战士成功击退了怪兽，但他的外形却酷似贝利亚。在那之后，怪兽们接二连三地出现

泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。这次和泽塔奥特曼有关的人类，是一位名叫夏川遥辉的热血青年。遥辉是怪兽应对机甲部队“军械库”的一名队员。在很久很久以前，由于某种原因，宇宙中出现了一种叫恶魔碎片的东西，它可以让怪兽失去理智。一个神秘的家伙正借助这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开

很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。

来自坤星球的隐形飞船多次袭击地球，若干地球人突然消失。超人警备队接受了打退坤星人，救回地球人的任务，在诸星•团的提示与帮助下，超人警备队成功的击退了坤星人，救回了失踪的地球人。任务完成之后，诸星•团正式成为地球防护军，超人警备队的一员。

本作讲述了赛文加英勇格斗的故事。赛文加，圆谷特摄剧《奥特曼》系列中登场的机械怪兽。在《雷欧奥特曼》中是光之国给予无法变身的诸星团使用的道具——怪兽球中的机械怪兽。为了帮助不能变身为赛文奥特曼的团，乡秀树从奥特之星带来了赛文加。虽然外表迟钝但却有着强大的战斗力，拥有坚固的装甲，但是召唤出来一分钟后，便不能再活动了。而且每次战斗后，五十小时内无法再使用。在《泽塔奥特曼》中，赛文加作为地球防卫部队“军械库”对抗怪兽所用的机器人之一登场，设定与《雷欧奥特曼》中的不同。在《泽塔奥特曼》中赛文加是军械库开发的世界上首

特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利