很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。

来自坤星球的隐形飞船多次袭击地球，若干地球人突然消失。超人警备队接受了打退坤星人，救回地球人的任务，在诸星•团的提示与帮助下，超人警备队成功的击退了坤星人，救回了失踪的地球人。任务完成之后，诸星•团正式成为地球防护军，超人警备队的一员。

在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特

重回过去，再现奇迹。泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开，独自一人追逐逃跑的怪兽。泽塔抵达地球的时候，遇到了正在战斗的遥辉。两人的相遇，拉开了故事的序幕。迪迦奥特曼是超古代时期就出现在地球的巨人，但并非是地球出生的奥特曼，他原本是和三个黑暗巨人在一起的邪恶奥特曼，也是其中的领袖。后在超古代

绫香市已经有一年多没出现过怪兽了。凑家一家人开始朝着自己的梦想努力奋斗。可是，唯独只有活海还没有想好未来究竟想要干什么。活海有一位高中同学叫户井。当年，户井立志要学游戏制作。他们毕业后就没再见过了，活海打算去找户井叙叙旧。没想到的是，户井辞去了游戏公司的工作，天天宅在家里打游戏。活海看到户井这个样子备受打击。而后一位神秘人物出现，他打开了户井的心扉，赐予了户井邪恶的力量。随后，这位神秘人物又蛊惑了活海，把活海送到一个全是怪兽的星球。此时，地球出现了一只强大的怪兽。勇海和小陆变身成奥特战士前去迎战，没想到却

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子，于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量

本作讲述了赛文加英勇格斗的故事。赛文加，圆谷特摄剧《奥特曼》系列中登场的机械怪兽。在《雷欧奥特曼》中是光之国给予无法变身的诸星团使用的道具——怪兽球中的机械怪兽。为了帮助不能变身为赛文奥特曼的团，乡秀树从奥特之星带来了赛文加。虽然外表迟钝但却有着强大的战斗力，拥有坚固的装甲，但是召唤出来一分钟后，便不能再活动了。而且每次战斗后，五十小时内无法再使用。在《泽塔奥特曼》中，赛文加作为地球防卫部队“军械库”对抗怪兽所用的机器人之一登场，设定与《雷欧奥特曼》中的不同。在《泽塔奥特曼》中赛文加是军械库开发的世界上首

奥特之国在远离地球的M78星云上。\n英雄奥特曼，为了追击怪兽百幕拉最初来到了地球，\n他在地球上的活动时间仅有三分钟。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。