已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的

沉睡于降星山的六个闪光玩偶突然发出了神秘波动，好像要发生什么大事了。小光通过一场梦境感受了这股神秘波动，泰罗也察觉到了降星山的异常。于是，小光召集其他几位伙伴一起去降星山回收这六个闪光玩偶。结果，众人刚刚抵达降星山就遇到了其他外星人，没想到外星人的目的居然是阻止小光等人回收闪光玩偶。这个外星人是伊卡尔斯星人，它受到神秘力量的召唤，得以复活。小光等人为了尽快找到闪光玩偶，他们兵分几路，分开去寻找，结果却被伊卡尔斯星人耍地团团转。后来，小光等人识破了伊卡尔斯星人的阴谋，恼羞成怒的伊卡尔斯星人通过黑暗融合，变成

扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是

尤莉安公主被阿布索留特人掳走后，宇宙警备队与银河救援队一起展开了救援行动，奥特联盟的成员也为了即将到来的大战而努力进行特训。与此同时，新生代的战士们带着新的任务，在宇宙各地搜集恶魔碎片。来自王国的阿布索留特塔尔塔洛斯复活了亡灵基纳，他在策划一场新的阴谋。他向光之国发出了最后的通牒，希望光之国马上投降，不然尤莉安公主将会陷入危险。就在此时，阿斯特拉通过宇宙拳法，终于发现了王国的坐标。救援尤莉安公主的行动迫在眉睫，奥特之父命令救援队立刻前去王国母星拯救尤莉安公主。救援队到达王国母星后遭到了敌人的围堵，而他们在

彼得·奎尔是一名从小被劫持到外太空的地球人，在义父勇度的培养下成了一个终极混混，自称“星爵”。一次行动中他偷了一块神秘球体，便成为了赏金猎人火箭浣熊、树人格鲁特的绑架目标，而神秘的卡魔拉也对神秘球体势在必得。经过笑料百出的坎坷遭遇，星爵被迫和这三人，以及复仇心切的“毁灭者”德拉克斯组成小分队逃避“指控者”罗南的追杀。然而这个神秘球体拥有无穷的力量，小分队必须团结一致对付罗南，才有可能解救整个银河系，银河护卫队由此诞生。

火箭浣熊偷走了大祭司阿耶莎的能量电池，包括星爵、卡魔拉、德拉克斯在内的一行人遭到了后者派出的舰队的袭击。一个神秘人物乘坐着飞船救下了银河护卫队的众人，而驾驶着飞船的不是别人，竟然正是星爵的亲生父亲伊戈。在伊戈的带领下，星爵、卡魔拉和德拉克斯来到了由伊戈一手制造的星球上，而剩下的成员们则着手修复损坏的飞船。那边厢，阿耶莎委托勇度抓住星爵替自己报仇，而卡魔拉亦渐渐发现了伊戈和善面目下隐藏的巨大阴谋

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暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

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宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。