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皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联

故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

这是一个战火频燃、纷争不断的动荡时代，一群有志之士集结在一起，计划盗走帝国大规模杀伤性武器“死星”的设计图。这个在《星球大战》系列里非常著名的重点事件，让一群平凡普通人结成了同盟，决定为世界的改变做出贡献；而在绝密行动的进行中，他们也逐渐成长为顶天立地的英雄。