这是一个人类和魔神混居的魔法世界，降魔战争的阴霾已然散去，世界又迎来了属于它的平静一天。莉娜因巴斯（林原惠美 配音）是一名天才魔导师，从小生长在杂货店的她由于姐姐的建议，决定展开一场以世界为目的地

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆